พล.ต.ท.วรรณรัตน์ เริ่มทำงานเมื่อปี 2506 ที่สถานีตำรวจนครบาลบุปผาราม จากนั้นถูกดึงตัวไปช่วยปราบโจรผู้ร้ายที่จังหวัดสุพรรณบุรี ในปี 2509 ต่อมาได้เข้าไปเป็นผู้บังคับหมวดในโรงเรียนนายร้อยตำรวจ จนก้าวหน้าในหน้าที่ราชการเรื่อยมาจนได้รับตำแหน่งผู้บัญชาการตำรวจนครบาล และเกษียณอายุราชการในปี 2543

พล.ต.ท.วรรณรัตน์ มีผลงานที่โดดเด่นเป็นที่รู้จัก อาทิ การจับกุมตัวพลตำรวจโท ชลอ เกิดเทศ ในคดีฆ่าสองแม่ลูกตระกูลศรีธนะขัณฑ์ ที่มีชนวนมาจากคดีเพชรซาอุ[2] คดีฆ่ากรรมมารดา ส.ส.คมคาย พลบุตร และคดีฆาตกรรมนายแสงชัย สุนทรวัฒน์

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 พล.ต.ท.วรรณรัตน์ ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรแบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคประชาธิปัตย์ ลำดับที่ 15 และได้รับเลือกตั้ง[3]เป็น ส.ส.สมัยแรก และเป็นเพียงสมัยของชีวิตการเมืองของพลตำรวจโท วรรณรัตน์ คชรักษ์